Le lac se déverse dans le détroit de Malacca grâce à un émissaire, l'Asahan, qui a creusé des gorges grandioses tranchant les matériaux volcaniques sur une profondeur de plus de 250 mètres. À l'intérieur de la dépression volcano-tectonique, on retrouve des terrasses lacustres s'étageant jusqu'à 350 mètres au-dessus du lac, témoins à la fois de l'abaissement du plan d'eau lié à l'enfoncement de l'émissaire et de mouvements tectoniques positifs récents, les terrasses étant manifestement déformées. Si la géologie de ce site exceptionnel a fait l'objet de nombreuses études, la limnologie en est encore balbutiante.
Situé à 2°35' de latitude nord, le lac Toba se trouve en milieu équatorial. Les eaux de surface ont une température assez constante d'environ 26.5°C et sont séparées des eaux profondes par un métalimnion se situant entre 25 et 50 mètres de profondeur, dans l'intervalle duquel la température s'abaisse d'environ 2.5°C. Le refroidissement nocturne, suffisant en intensité, n'est pas assez long pour vaincre l'inertie d'une couche d'eau chaude de 25 mètres d'épaisseur. Les températures de l'air sont comprises entre 20 et 30°C, les précipitations entre 1500 et 2000 mm par an, et l'humidité de l'air entre 70 et 90%, avec de faibles variations saisonnières.
Pourtant il se produit occasionnellement dans la région, des baisses plus durables de quelques degrés, favorisées par le milieu montagnard, la surface du lac étant à 906 mètres d'altitude, le sommet de l'île Samosir à 1600 mètres et les rebords Ouest de la Caldeira culminant à 2475 mètres au mont Siluatan. Ces chutes de température sont susceptibles d'homogénéiser toute la tranche d'eau et de brasser l'ensemble du lac. Le Toba est ainsi l'exemple type du lac oligomictique (à brassage occasionnel).